W czasie trwania trzeciego bezkrólewia nowym władcą Rzeczpospolitej został Zygmunt III Waza, który był synem króla Szwecji Jana III oraz Katarzyny Jagiellonki córki Zygmunta Starego. W 1587 roku podpisany przez Jana III, Zygmunta III oraz posłów polskich został traktat kalmarski, który zapewnił niezmienność granic Szwecji i Polski, poruszył kwestię braku możliwości oddania Estonii Koronie, a także nazwał unią personalną relacje pomiędzy Rzeczypospolitą a Szwecją. W późniejszym czasie przyczyniła się do zawarcia rozejmu, który zakończył wojnę z Moskwą. Traktat ten również zapewniał, że podczas nieobecności Zygmunta III w Szwecji, państwem miała rządzić rada regencyjna oraz gwarantował pozycję luteranizmu w Szwecji. Traktat kalmarski określał stosunki między Szwecją i Rzeczpospolitą.

Zygmunt III Waza, autor: Marcin Kober. Domena publiczna

Kilka miesięcy po śmierci Jana III Wazy, który odszedł w 1592 roku, Zygmunt III udał się do Szwecji, aby utrzymać  unię personalną, którą określał traktat kalmarski z 1587 roku, a także, aby zachować dziedziczną monarchię. Jednakże musiał zmierzyć się z dużym oporem ze strony duchowieństwa oraz rady królewskiej, która po opuszczeniu Szwecji przez Zygmunta III, objęła rządy w państwie. Arystokratyczna rada królewska stroniła od wpływów polskich, a także pomysłów króla.

Kiedy w Szwecji zaczął rozwijać się konflikt wewnętrzny, Zygmunt III Waza udał się ponownie do swojego rodzimego kraju, wtedy to doszło do starcia w Ostergottlandzie pomiędzy wojskami Zygmunta a armią jego stryja Karola IX. Sejm w 1599 roku usunął z  szwedzkiego tronu Zygmunta III, a władzę po nim przejął Karol Sudermański.

Przyczyną wybuchu wojny między Szwecją a Rzeczypospolitą było w 1600 roku przyłączenie Estonii do Polski przez Zygmunta III Wazę. Kolejne przyczyny tego konfliktu możemy również odnaleźć w dominacji nad Morzem Bałtyckim. W 1601 roku miała miejsce bitwa pod Kockenhausen, po której przez brak możliwości rozpoczęcia akcji ofensywnej przez hetmana wielkiego litewskiego, doprowadziła do oblężenia Rygi przez Szwedów. Cztery lata później już ówczesny król Szwecji Karol IX wraz z armią dążył do zdobycia Rygi. Walkę tę uratował starosta generalny żmudzki, później hetman wielki litewski Jan Karol Chodkiewicz, który pokonał armię szwedzką w bitwie pod Kircholmem, która rozegrała się 27 września 1605 roku. Wydarzenia te doprowadziły do zawarcia rozejmu, który obowiązywał do 1608 roku.

Po śmierci Karola IX, który zmarł w 1611 roku, władzę w Szwecji przejął jego syn Gustaw Adolf Waza. Szwedzi zrywając rozejm, najechali na Inflanty, gdzie udało im się między innymi zdobyć Parnawę. Działania Krzysztofa Radziwiłła, który zastępował nieobecnego Jana Karola Chodkiewicza, zakończyły się zawarciem rozejmu w 1618 roku, który miał trwał 2 lata. W 1621 roku Gustaw Adolf Waza powrócił do działań wojennych, a w 1622 roku zawarto kolejny rozejm.

Gustaw Adolf Waza prowadził znaczące działania wojenne wymierzone w Rzeczpospolitą. Władca podbijał kolejne obszary, między innymi zajął twierdzę w Piławie, a także opanował Braniewo, Frombork, czy Tczew. Szwedzi w 1626 roku podjęli się prowadzeniu blokady Gdańska, w celu przejęcia jego dochodów portowych. 28 listopada 1627 roku doszło do bitwy pod Oliwą, w której zwierzyły się dwa okręty flagowe – ,,Święty Jerzy’’ oraz ,,Tigern’’. W bitwie tej zmarł admirał Arendt Dickmann.

Po licznych zmaganiach i prowadzonych bitwach między Rzeczpospolitą a Szwecją, 26 września 1629 roku został zawarty rozejm w Altmarku, który powstał między innymi dzięki mediacji Francji, Anglii oraz Brandenburgii.